交通事故が原因で中身だけが入れ替わってしまった銀時と土方。元に戻る方法が分からないまま、銀時は土方として、土方は銀時として暮らすことになる。
厳格な規律を重んじる銀時と、自由を好む土方。ふたりのリーダーの変化が、万事屋と真選組をまったく別の組織に生まれ変わらせてしまう。
元に戻る方法を探すうち、入れ替わりの原因が源外の発明した「全自動卵かけごはん製造機」であることが判明。
銀時と土方は元に戻るため、事故によってちぎれた銀時の魂の半身を捜すが、すでに魂は猫の死骸に乗り移り、恐るべき戦闘マシーン・どざえもんへと変貌していた！
銀時と土方を中心に繰り広げられるどたばたエピソード。