天道衆を壊滅させるための連合軍『アルタナ解放軍』がついに地球へ侵攻。
ターミナルが破壊され、解放軍が暴虐の限りを尽くし、江戸は混乱を極めていた。
しかしそこでも諦めずに戦い、希望をつなぎ続ける人たちがいる。自動販売機の下をあさって依頼料の小銭を貯める長谷川泰三、侍の国を取り戻すため皆から依頼書を集めるお妙、銀時たち万事屋の帰りを待ち望むたくさんの人たち。
やがてアルタナ解放軍の魔の手が遂に万事屋やスナックお登勢にまで迫ったその時、ついに銀時らが帰還。万事屋を先頭に、かぶき町の総力を挙げて解放軍を一時的に撃退することに成功する。
そんな中将軍・徳川喜々はアルタナ解放軍との交渉に自分の名前を利用するよう提案し、桂と坂本とともに解放軍の戦艦に向かう。
26話に渡るストーリーは烙陽決戦篇から続く、最終決戦のエピソード。